按照病因，肾结石可以分为两大类：原发性结石和继发性结石。
原发性结石的原因不明，所以称为“原发性”，约占肾结石总数的50%-60%；此类患者常常有地区性的集聚倾向，可能与地理环境、饮食习惯有关，如热带、山区、沙漠、干旱地带，或水质中含钙较高，”维生”素A不足，容易使泌尿系统的上皮细胞脱落形成结石的核心，尿中镁离子和柠檬酸缺乏容易使钙质沉淀，形成结石。譬如在我国南方，泌尿外科病人中以肾结石最为常见，但是在北方，肾结石只占泌尿系统疾病总数的10%-15%，据报道我国甘肃地区从未吃奶粉的婴儿中，肾结石的发生率高达5.6%。另外，个人体质和遗传因素也是诱发婴幼儿肾结石的重要原因。
继发性结石的原因比较明确，如泌尿系统畸形造成梗阻，使”尿液”浓缩，结晶沉淀，导致结石；泌尿系统”感染”造成细胞脱落，增加“核心”的数量，而且感染有利于磷酸盐沉淀，形成结石；缺钙可以促使甲状旁腺素分泌增加，促进破骨，使钙从骨质中释放出来，同时使肾脏对钙的重吸收增加，而抑制对磷的重吸收，结果使血钙直线上升，过多的钙只能从尿中排出，此时因尿磷也增多，极容易造成结石，这是引起小儿肾结石最常见的原因之一；”早产”儿由于成熟度差，有结石的可能性比足月儿高4.5倍。其他如维生素D摄入过多，也容易形成结石。尿酸、”胱氨酸”、黄嘌呤代谢障碍等引起的病例都属少见。
